يستخدم الإيثانول كمطهر لآثاره القاتلة للجراثيم والفطريات. يقتل الإيثانول الكائنات الحية الدقيقة عن طريق إذابة الطبقة الدهنية ثنائية الغشاء وتغيير طبيعة البروتينات ، وهو فعال ضد معظم البكتيريا والفطريات والفيروسات.